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Et si votre projet de stage pouvait influencer la détection des variants génomiques dans une technologie clinique réelle ?
Chez SOPHiA GENETICS, nous construisons l'avenir de la médecine assistée par IA et guidée par les données. Notre technologie aide les professionnels de santé à comprendre des données multimodales complexes, avec l'ambition d'améliorer les résultats pour les patients atteints de cancer et de maladies rares.
Cette mission soulève des questions scientifiques et informatiques complexes.
L'une d'elles est la suivante : comment s'assurer que nos algorithmes identifient les variants génomiques complexes avec la plus grande précision et efficacité possible ?
C'est là que vous intervenez.
Rejoignez notre équipe Data Science – Développement d'Algorithmes à Rolle, en Suisse, pour un stage de six mois en tant que Développeur d'Algorithmes Junior.
Vous travaillerez sur un défi réel au sein de notre produit de Séquençage du Génome Complet (WGS) : évaluer nos solutions internes d'appel de variants structuraux (SV) en les comparant aux outils externes de pointe pour l'appel de variants germinaux.
Les preuves que vous générerez aideront notre équipe à comprendre où les différentes approches performent bien, où elles ne le font pas, et à orienter les décisions sur l'évolution de notre technologie WGS.
Vous manipulerez directement des données génomiques, des algorithmes et une infrastructure informatique à l'échelle de la production.
Vous aurez pour missions :

Construire la référence. Installer et exécuter des pipelines externes d'appel de variants WGS sur l'infrastructure informatique de SOPHiA GENETICS et créer un environnement reproductible pour la comparaison.

Mettre les outils à l'épreuve. Évaluer la précision et le temps d'exécution de l'appel de variants germinaux en utilisant nos données et jeux de référence.

Aller au-delà de "quel outil est meilleur ?" Comparer les approches externes avec nos solutions internes d'appel de SV et analyser où et pourquoi elles diffèrent.

Transformer les données en décisions. Traduire vos résultats en recommandations fondées sur des preuves pour améliorer la stratégie, la conception, la mise en œuvre et la performance de l'appel de SV dans nos produits WGS germinaux.

Rendre votre travail visible. Présenter vos conclusions aux collègues de l'équipe et du département, y compris à la direction.

Exigences
Vous étudiez peut-être la bioinformatique, la biologie computationnelle, l'informatique, les statistiques ou un domaine connexe. Il n'est pas nécessaire de tout savoir sur l'appel de variants structuraux à votre arrivée – nous attachons autant d'importance à votre manière de penser qu'à votre rapidité d'apprentissage.
Ce stage vous plaira probablement si :

Vous aimez explorer les données et vous demander "pourquoi ?", plutôt que de vous arrêter dès que vous avez un résultat.

Les statistiques et probabilités vous parlent, et vous aimez les utiliser pour résoudre des problèmes concrets.

Vous êtes à l'aise avec la ligne de commande UNIX et avez une certaine expérience de l'analyse de grands ensembles de données.

Vous avez de l'expérience avec Python ou des bibliothèques statistiques – ou êtes motivé pour approfondir ces compétences.

Vous êtes curieux de la génomique ; la connaissance de l'appel de variants structuraux, du WGS ou du VCF est un plus mais pas un prérequis.

Vous avez un esprit scientifique : vous êtes prêt à poser des questions qui peuvent sembler naïves, tester des hypothèses et rapporter ce que les données montrent réellement, même si la réponse n'est pas celle attendue.

Vous communiquez et collaborez bien avec les autres et êtes à l'aise pour travailler en anglais.

Avantages
Dans six mois, nous souhaitons que vous repartiez avec beaucoup plus de connaissances qu'à votre arrivée.
Vous apprendrez comment un flux de travail d'analyse de données NGS de bout en bout est construit et utilisé en milieu industriel, développerez une compréhension approfondie des outils et algorithmes d'appel de variants structuraux à la pointe, et acquerrez une expérience pratique dans la conception d'une étude de benchmarking rigoureuse.
Plus important encore, vous verrez comment les preuves scientifiques deviennent une décision produit.
Vous travaillerez dans un environnement où la génomique, la science des données, l'IA et les technologies cloud se conjuguent, aux côtés de personnes qui résolvent ces problèmes au quotidien.
Événements et activités à l'échelle de l'entreprise – participez aux événements de l'entreprise, aux assemblées générales, aux initiatives internes et aux activités sociales avec le reste de nos employés.
Tous nos stages et apprentissages sont rémunérés, avec une compensation alignée sur les pratiques et standards du marché local.

Lieu : Rolle, Suisse
Début : Dès que possible
Type de contrat : Contrat de stage, temps plein, 6 mois.

Postulez avec votre CV et toute information complémentaire que vous souhaitez que nous prenions en compte.
Les candidats sélectionnés rencontreront des membres de notre équipe de gestion des talents, le responsable du recrutement ainsi que des collègues et parties prenantes concernés lors du processus d'entretien.
L'anglais est notre langue de travail principale, merci de soumettre votre CV en anglais.