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Was wäre, wenn Ihr Praktikumsprojekt beeinflussen könnte, wie genomische Varianten in einer realen klinischen Technologie erkannt werden?
Bei SOPHiA GENETICS gestalten wir die Zukunft der KI-gestützten, datengetriebenen Medizin. Unsere Technologie hilft medizinischen Fachkräften, komplexe multimodale Daten zu verstehen, mit dem Ziel, die Ergebnisse für Patienten mit Krebs und seltenen Krankheiten zu verbessern.
Hinter dieser Mission stehen einige schwierige wissenschaftliche und rechnerische Fragestellungen.
Eine davon lautet: Wie stellen wir sicher, dass unsere Algorithmen komplexe genomische Varianten so genau und effizient wie möglich identifizieren?
Hier kommen Sie ins Spiel.
Schliessen Sie sich unserem Data Science – Algorithm Development Team in Rolle, Schweiz, für ein sechsmonatiges Praktikum als Junior Algorithm Developer an.
Sie werden an einer echten Herausforderung innerhalb unseres Whole Genome Sequencing (WGS) Produkts arbeiten: Benchmarking unserer hausinternen Lösungen zur Erkennung struktureller Varianten (SV) im Vergleich zu führenden externen Tools für die Keimbahn-Varianterkennung.
Die von Ihnen generierten Belege helfen unserem Team zu verstehen, wo verschiedene Ansätze gut funktionieren, wo nicht, und letztlich Entscheidungen darüber zu treffen, wie sich unsere WGS-Technologie weiterentwickeln sollte.
Sie werden praktisch mit genomischen Daten, Algorithmen und produktionsreifer Recheninfrastruktur arbeiten.
Sie werden:

Das Benchmark aufbauen. Externe WGS-Varianterkennungs-Pipelines auf der Recheninfrastruktur von SOPHiA GENETICS installieren und ausführen und eine reproduzierbare Vergleichsumgebung schaffen.

Die Tools auf die Probe stellen. Die Genauigkeit und Laufzeit der Keimbahn-Varianterkennung mit unseren Daten und Referenzsätzen bewerten.

Über "Welches Tool ist besser?" hinausgehen. Externe Ansätze mit unseren hausinternen SV-Erkennungslösungen vergleichen und untersuchen, wo und warum sie unterschiedlich abschneiden.

Daten in Entscheidungen umwandeln. Ihre Ergebnisse in evidenzbasierte Empfehlungen übersetzen, die helfen können, Strategie, Design, Implementierung und Leistung der SV-Erkennung in unseren WGS-Keimbahnprodukten zu verbessern.

Ihre Arbeit sichtbar machen. Ihre Erkenntnisse Kollegen im Team und der Abteilung, einschließlich der Geschäftsleitung, präsentieren.

Anforderungen
Sie könnten Bioinformatik, computergestützte Biologie, Informatik, Statistik oder ein verwandtes Fach studieren. Sie müssen nicht alles über strukturelle Varianterkennung wissen – uns ist genauso wichtig, wie Sie denken und wie schnell Sie lernen.
Dieses Praktikum wird Ihnen wahrscheinlich gefallen, wenn:

Sie gerne in Daten eintauchen und fragen „Warum?“, anstatt bei einem Ergebnis aufzuhören.

Statistik und Wahrscheinlichkeit für Sie Sinn ergeben und Sie diese gerne zur Lösung realer Probleme einsetzen.

Sie sich mit der UNIX-Kommandozeile wohlfühlen und Erfahrung mit der Analyse grösserer Datensätze haben.

Sie Erfahrung mit Python oder statistischen Bibliotheken haben – oder motiviert sind, diese zu vertiefen.

Sie neugierig auf Genomik sind; Kenntnisse in struktureller Varianterkennung, WGS oder VCF sind ein Plus, aber keine Voraussetzung.

Sie eine wissenschaftliche Denkweise haben: Sie sind bereit, Fragen zu stellen, die naiv erscheinen mögen, Annahmen zu testen und zu berichten, was die Daten tatsächlich zeigen, auch wenn die Antwort nicht die erwartete ist.

Sie gut kommunizieren und mit anderen zusammenarbeiten und sich auf Englisch wohlfühlen.

Vorteile
In sechs Monaten möchten wir, dass Sie deutlich mehr wissen als bei Ihrem Start.
Sie lernen, wie ein durchgängiger NGS-Datenanalyse-Workflow in einem industriellen Umfeld aufgebaut und genutzt wird, entwickeln ein tieferes Verständnis für modernste Tools und Algorithmen zur Erkennung struktureller Varianten und sammeln praktische Erfahrung in der Gestaltung einer rigorosen Benchmarking-Studie.
Wichtiger noch: Sie sehen, wie wissenschaftliche Belege zu Produktentscheidungen werden.
Sie arbeiten in einem Umfeld, in dem Genomik, Data Science, KI und Cloud-Technologien zusammenkommen, zusammen mit Menschen, die diese Probleme täglich lösen.
Unternehmensweite Veranstaltungen und Aktivitäten – nehmen Sie an Firmenveranstaltungen, Town Halls, internen Initiativen und sozialen Aktivitäten zusammen mit unseren Mitarbeitenden teil.
Alle unsere Praktika und Ausbildungen sind bezahlt, mit einer Vergütung, die an lokale Marktpraktiken und Standards angepasst ist.

Standort: Rolle, Schweiz
Beginn: So bald wie möglich
Vertragsart: Praktikumsvertrag, Vollzeit, 6 Monate.

Bewerben Sie sich mit Ihrem Lebenslauf und allen unterstützenden Unterlagen, die Sie berücksichtigt wissen möchten.
Ausgewählte Kandidaten treffen während des Bewerbungsprozesses Mitglieder unseres Talent Management Coordinators, die einstellende Führungskraft sowie relevante Kollegen und Stakeholder.
Englisch ist unsere primäre Arbeitssprache, bitte reichen Sie daher Ihren Lebenslauf auf Englisch ein.